Au sein de l’association AAPO, les organistes, confirmés ou simplement débutants, sont regroupés au sein d’une commission spécifique.
Elle est le lieu où ils échangent les problèmes posés par leur pratique, liturgique ou non, aussi divers que les remplacements occasionnels, la planification pour l’utilisation de certains instruments, la constitution d’une banque de partitions, l’organisation et la coordination de leurs concerts.
Les organistes apportent aussi leur expertise aux activités de l’association et forment en leur sein un comité artistique chargé du choix des artistes intervenants et conçoivent avec eux le programme proposé.